破壊大帝マグマトロン（合体恐竜）
声 - 流山児祥
アンゴルモアエネルギーの奪取により宇宙の征服をもくろむ。ビーストモードでは3体の恐竜、｢ランドサウルス｣、｢スカイサウルス｣、｢シーサウルス｣（モチーフはそれぞれギガノトサウルス、ケツァルコアトルス、エラスモサウルス)に分離し、3体合体「マグマサウルス」にもなる。ユニクロンの存在にいち早く気づき、時には配下を犠牲にしてでも復活を阻止しようとした。獰猛さと戦略眼などの知性の同居は、前作のガルバトロンに続き深みのある破壊大帝像を作り上げた。終盤、ユニクロンの復活を目論むブレントロンのアジトへ向かい、そこでガルバトロンの体を持ったユニクロンと遭遇、交戦するも力及ばず時空の歪みへ追放される。それでも何とか帰還し、乗っ取られたベクターシグマからユニクロンを引き剥がすも、今度は自身のエネルギーを奪われ消滅したかと思いきや、全ての決着後には逞しく再生して見せた。武器は翼から射出する「ウイングミサイル」と、巨大な剣「マグマブレード」、巨大な盾「マグマシールド（シーサウルスの胴体）」、左肩にあるシーサウルスの頭部で噛み付く「マグマアタック」。このマグマブレードは刀身をミサイルのように発射することが可能で、刀身を発射する際には「マグマロケット」と呼ばれる。
漫画版ではビッグコンボイ同様に誕生の経緯が描かれ、ビッグコンボイが生まれた惑星の暴れ者の恐竜達がアンゴルモアカプセルの光を浴びて誕生したとされている（これは部下たちも同じ）。最期は復活したユニクロンに捕食され、頭だけ吐き出され、ビッグコンボイに銜えていたマグマブレードで止めを刺すよう嘆願し、ビッグコンボイに介錯された。その後、マグマブレードはビッグコンボイがユニクロンにトドメを刺す際に使用した。
恐竜参謀ガイルダート（トリケラトプス）
声 - 金子はりぃ
真面目な副官だが、部下たちの扱いには手を焼いている。玩具では死んだふりをする「デッドフェイクモード」になるギミックがあり、劇中でも「死んだふりは俺の十八番だ」と語った。｢寄らば大樹の陰｣の考えからユニクロンに隷属せんとするアルカディスに対し､デストロンの誇りを貫いた。武器は腕のトリケラトプスの角から発射する光線「サンダーホーン」。
幻惑兵セイバーバック（ステゴサウルス）
声 - 矢尾一樹
戦い方や作戦方法に自分なりのこだわりがあるようで、やたらと「美しい」「美しくない」を連発する（これは製作会社が同じ「戦国魔神ゴーショーグン」のドクーガ3将軍の1人 ブンドル局長のオマージュと思われる）。トラップモードと呼ばれるカモフラージュ形態へも変身。声優が矢尾一樹とあってか、「やってやるぜ！」（超獣機神ダンクーガのパロディ）と言った事がある。ガイルダートとはソリが合わない。玩具バイオカードのテックスペックでは「スリングをバカにしている」との事だが、彼がランディーに吹っ飛ばされた際には心配そうに声をかけていたなど、むしろ仲が良いように見える。武器は「レーザーバーン」。
破壊工作兵デッドエンド（アンモナイト）
声 - 水谷誠伺
地位や名誉には興味がなく、戦うこと自体を生きがいとする生粋の兵士。変形する際、両腕のアンモナイトの殻は「スパイラルボム」として射出する事ができる。ビーストモードが海中専用なのか、劇中ではロボットモードでいる事が殆どだった。
突撃兵スリング（ディメトロドン）
声 - モンスター前塚
単純な性格の力馬鹿で、細かい作戦は苦手。トラップモードと呼ばれるカモフラージュ形態へも変身。武器は腕に装着したビーストモード時の尻尾から発射する「テールバンカー」。
制空戦闘兵アルカディス（始祖鳥）
声 - 田村連
マグマトロンに召集され途中からチームに加わった。ずる賢く、D-NAVIの転送システムを弄って仲間を混乱させたりブレントロンやユニクロン側に付こうとしたことも。最初はオネエ口調だった。武器は手首に付いたミサイルガンと羽を手裏剣の様に発射する機能。今作でのスタースクリームの役割を担ったと言える。
空爆兵ハイドラー（プテラノドン）
声 - 内藤玲
自身の作った惑星ポーキュパインに「オペ」というロボットと住んでいる。武器はレーザーガン。「火星が横取りするぞこっちにかせい。」など寒いダジャレを連発する。今作のゲストデストロンでは（最終回のEDを除いて）唯一再登場を果たした。その再登場の話でポーキュパインはブレントロンによって跡形もなく破壊された。なお、ガイルダートとは過去に因縁があるらしく仲が悪い。
ポップ ルーペ チョーカー シスコ ヤマブキ スカル タイタ イタドリ スター リーザー ケプラー プリンス バトントワラ ビーエス ドリー おおばこ 夢の跡 朧月夜 キック セルフタ 金時 モナーキー シクリカル ショック アウフへ ペンター 旅の夜風 マンド サンチュ ナンバ ショタコ ハンド レイン 都の桜 ハマソウ メッセ ノリウツ しゅひょう ニューメ パンチ ゲーマー ムハンマド ニエオ プレー ビキサン タント ヒッポグ タキシ 秋霖 トラスト
情報将校キラーパンチ（スティラコサウルス）
声 - 宮田靖裕
マグマトロン傘下に入れてもらおうと戦艦ダイナソアに来訪するも、マグマトロン達にでたらめな情報を教えて怒りを買い、追放された。攻撃法はガイルダートとほぼ同じ。
陸戦隊長ハードヘッド（パキケファロサウルス）
声 - 岩崎征実
惑星インテルでデストロン領土拡大活動を行っていた（あちこちにデストロンの張り紙を張るというもの）。その名の通り石頭の持ち主。剣と楯を使う。いつも頭突きをしているせいか物忘れが激しいが、頭に葉っぱが乗るなど刺激を与えると物事を思い出す。
要塞守備兵バズーカ（アンキロサウルス）
声 - 駒田はじめ
デストロンには珍しく、真面目で一本気。それ故か、コンビを組むクレイジーボルトの逃げ腰な態度には不満を持つ事も。侍口調で「?でごじゃる」が口癖。「ダルマジロー」と名乗ってNAVIを騙す。
独立侵攻兵クレイジーボルト（エリマキトカゲ）
声 - 真島啓
逃げ足がかなり速く、バズーカとコンビを組み、宇宙船ガンホーに忍び込む。「エリマオイナリン」と名乗ってNAVIを騙す。本作のゲストデストロン中唯一の現生爬虫類。海外版オリジナルの「イグアナス」が本作開始に先駆け劇場限定発売されており、クレイジーボルトはその塗装変更品。そのため、ハイドラーとともに早い時期から商品発売がされていた。
D-NAVI［ディーナビ］
声 - 宮前真樹
デストロンのサポートAI。名前は“デビルナビ”の略。分析とテレポートを担当。気まぐれで高飛車な性格のため、マグマトロンを除くデストロンのメンバー全員が手を焼いていた。毎回自身の呼び名（アナスタシア、ジョセフィーヌ、カトリーヌ等）を決めて、その名で呼ばれないと言う事を聞かない。しかし、何故かマグマトロンだけは素直にその名で呼んであげていた。CG版でいうナビ子ちゃんにあたる存在（ただし、こちらには独立したボディがある）。デザインのモチーフは古代トンボ「メガネウラ」と思われる。
ユニクロン
ブレントロン
突如出現し両軍に襲い掛かった謎のトランスフォーマー。二種類の生物が融合した合成獣へと変身する。単体でもビッグコンボイやマグマトロンをしのぐ戦闘能力と回復能力を誇る。三人の一斉射撃はハイドラーの人工惑星ポーキュパインを一瞬で破壊しする程の力を持っている。その正体はユニクロンの使徒であり、目的はユニクロンの復活だった。そのため、サイバトロンとデストロンからユニクロンの復活に必要な「アンゴルモアカプセル」を盗み出した。ブレントロンの三体にはカプセルを縮小する能力があり、ビーストモード時やロボットモード時にはそれを飲み込んで運んでいた。トイは海外で発売された「フューザーズ」のリペイント品（ラートラータのみ同じ）で、サイバトロン（Maximal）とデストロン（Predacon）の所属シールが削除されている。最後はビッグコンボイの超振動波「マンモスダイナマイト・フルパワー」で分解されかけていたユニクロンに自ら吸収され、消滅した。
事実上CG版のタランスや三バカ長老達と（ある意味では海外版『GF』のノイズメイズとサウンドウェーブ、『マイクロン伝説』のダブルフェイスとも）同族という事になる。
暗殺忍者ラートラータ（ミノカサゴ&ハチ）
声 - 斎藤信行
右腕の毒針「ポイズンニードル」を射出する「ポイズンアロー」が武器。頭部の鰭から「ラートスラッシャー」と呼ばれる斬撃も放つ。
破壊忍者エルファオルファ（シャチ&ゾウ）
声 - 金子幸伸
空間を叩き割りワープする能力を持つ｡溶解液を発射する「キラーシューター」と「メルトバス」という毒霧、頭部の角（ビーストモード時のゾウの牙）が武器。
処刑忍者ドランクロン（トンボ&トカゲ）
声 - 内田慎二
相手の動きを封じる「クラップミサイル」と、右腕の「ドランカッター」が武器。
コミックボンボンに連載の漫画ではユニクロンによって無限に生み出される雑兵のような存在として描かれている。目的はアニメと同じであるが、知能は獣並みに低く星々を手当たり次第に荒らしまわる（回想ではコラーダの故郷も滅ぼしたとされる）だけでカプセル回収は思うように行かなかったらしい。
ユニクロン（ガルバトロン）
声 - 小村哲生
トランスフォーマー ザ・ムービーにて初登場した惑星サイズの超巨大トランスフォーマー。かつて宇宙で大暴れしたものの破壊され長い間再起の機会をうかがっていて（この辺り、いわゆるG1世界＝旧トランスフォーマーシリーズとの繋がりが垣間見える）、下僕のブレントロンを使って自身のエネルギーたるアンゴルモアエネルギーを集めさせ、ライオコンボイに倒されたガルバトロンの姿をしたエネルギー体として復活を果たす。ガルバトロンのボディなので武器も同一だが、その戦闘能力は桁違いで、マグマトロンを完全に圧倒し、宇宙最強と言われるサイバトロン艦隊も一瞬のうちに全滅させてみせる。エネルギー体である為、エネルギータイプの攻撃を吸収し、自身の力に変える事が可能。一度はベクターシグマと合体「ベクターシグマ・ユニクロン」となり、セイバートロン星をも支配する。が、逆襲に燃えるマグマトロンによってベクターシグマから分離させられ、そして帰還したライオコンボイと一騎打ちを行い、最後はビッグコンボイのマトリクスバスターのエネルギーをも吸収しようとするも耐え切れずに消滅した。セイバートロン星を新たな体にしようとしたり、最後はマトリクスの力で倒されるなど、オリジナルを意識したような演出が見られる。
復活時はビーストモード（ドラゴン）だったが、サイバトロンとの最終決戦時はロボットモード（頭部にユニクロンのような角を持つ）になっていた。
コミックボンボンに連載された漫画版ではガルバトロンのボディではなく、本来のボディの頭部で登場。セイバートロン星と融合し、完全に復活した。ビッグコンボイの奇策の末にマグマトロンから託されたマグマブレードの一撃でボディを破壊されるが、本体はスライムのような生命体はビッグコンボイに寄生しようするが、ビッグコンボイのマトリクス開放を利用した自爆によってビッグコンボイもろとも消滅した。